Светодиод подключается на порт двумя способами. По схеме Порт-земля или
Порт-Питание. В первом случае для зажигания диода надо выдать в порт лог1 —
высокий уровень (примерно равен Vcc). Во втором случае для зажжения диода
требуется выдать в порт лог0 — низкий уровень (около нуля). Для AVR разницы
вроде бы нет, а вот многие старые серии микроконтроллеров вниз тянули куда
лучше чем вверх, так что схема Порт-Питание распространена чаще. Я применяю и
ту и другую схему исходя из удобства разводки печатной платы. Ну, а на
программном уровне разницы особой нет.

 Вывод порта для работы со светодиодом надо сконфигурировать на выход
(DDRxy=1) и тогда в зависимости от значения в PORTxy на ножке будет либо
высокий либо низкий уровень напряжения.

 Светодиод надо подключать через резистор. Дело в том, что прямое
сопротивление светодиода очень мало. И если не ограничивать ток через него,
то он просто напросто может сгореть нафиг. Либо, что вероятней, пожечь вывод
микроконтроллера, который, к слову, может тянуть что то около 20-30мА. А для
нормального свечения обычному светодиоду (всякие термоядерные ультраяркие
прожектора мы не рассматриваем сейчас, эти монстры могут и ампер сожрать)
надо около 3…15мА.